南通市委党校前身可以追溯到1941年苏中四地委举办的军政干校。1951年和1953年南通地委党校与南通市委党校分别建立。1983年地市党校合并以后，党校工作有了较快发展。经南通市委、市政府批准，党校增挂南通市行政学院、南通市社会主义学院牌子。2021年1月6日，经省委同意，张謇企业家学院在南通市委党校挂牌成立。

2020年9月10日南通市委党校、市行政学院由南通市教育路30号搬迁至星城路268号。新校区2018年1月开工建设，2020年9月投入使用。学校占地面积66338㎡，建筑面积58819㎡，建有教学综合楼、行政管理及教研办公楼、报告厅、食堂及学员公寓楼、文体中心、人才公寓、配套用房等7幢单体建筑，可同时容纳1800名学员在校学习培训。

全校（院）人员编制92人、在编人员86人；专职教师23人，其中教授4人、副教授12人，博士研究生8人、硕士研究生7人。内设14个职能机构（处室），分别为办公室（党校工作业务指导处）、人事处、教务处、科研处、培训处、总务处、财务处、党群工作处（机关党委）以及基本理论和党史党建教研室、经济学教研室、法政和公共管理教研室、社会和文化教研室（生态文明研究所）、市情研究室、图书网络中心（图书馆）。现有校刊《南通论坛》。

“十三五”期间，共举办各类班次479个，培训轮训31000多人次。出版著作4部，发表各类成果329项，课题立项135项，形成决策咨询报告84篇，获评省、市各类奖励26项。蝉联全省党校（行政学院）系统优秀教学组织奖和优秀科研组织奖，连续2年在市级机关综合考评中获评争先进位奖，连续4年获评市改革创新奖，四项工作开创党校发展史的先河。践行习近平总书记嘱托、部省共建的张謇企业家学院开局良好、发展迅速，得到中共中央政治局原委员、国务院原副总理刘延东充分肯定。创设新机制、建设“一流党校”等特色经验做法多次在人民日报、学习时报、新华日报、新华网、学习强国等主流媒体刊发推介。